Até recentemente, o colapso da civilização de Copán tem sido um mistério. Atualmente arqueólogos estão começando a entender o que de fato aconteceu. Aparentemente próximo ao fim do auge de Copán, a população crescia a uma taxa sem precedentes, comprometendo as fontes agrícolas, aonde consequentemente, Copán não conseguia manter-se mais auto-suficiente na agricultura, sendo obrigado a importar comida de outras áreas. A expansão urbana nas férteis terras baixas no centro do vale, forçou tanto a agricultura quanto as áreas residenciais a se confinarem ao redor de encostas do vale. Extensas áreas foram devastadas, resultando em uma erosão massiva que dizimou a produção agrícola e resultou em inundações durante os períodos de chuvas.
A região de Copán não foi abandonada de um dia para outro - agricultores provavelmente continuaram vivendo no vale devastado ecologicamente durante 1 ou 2 séculos. Mas por volta do ano de 1200, mesmo os agricultores tiveram que partir e a cidade real de Copán foi recoberta pela selva.